Moleküler Biyoteknoloji ve Epigenetik Laboratuvarı

Moleküler Biyoloji, Biyoteknoloji, Genetik ve Epigenetik alanlarında ulusal ve uluslararası kişi ve kurumların araştırma ve geliştirme (AR&GE) çalışmalarında ihtiyaç duyabileceği birçok analizin ve çalışmanın yapılabileceği teknik altyapıya sahip bir laboratuvardır.

Laboratuvarımız enfeksiyon hastalıklarına sebep olan mikroorganizmaların 16S ve Q-PCR yöntemleri ile moleküler teşhisi, hücre fonksiyonlarının epigenetik olarak takip edilebilmesi, genetik bozulmalara bağlı hastalıkların tespiti, genler üzerindeki anomaliler, aday ilaçların insan hücreleri üzerindeki toksik etkilerinin analizi, gıdalarda genetiği değiştirilmiş organizma tespiti, yeni bileşiklerin antimikrobiyal aktivitelerinin analizleri, moleküler yöntemlerle bakterilerin tür teşhisi, DNA/RNA ve protein izolasyonu ve çoğaltılması ve besin zehirlenmelerinde bakteri türünün tespiti ve adli numunelerden otomatik DNA/RNA izolasyonu vb. analizlerini yapabilecek imkânlara sahiptir. Laboratuvarımız, temel olarak sağlıklı ve kanser hücre hatları üzerinde en güncel test yöntemleri kullanılarak hücrelerin fizyolojik ve epigenetik değişimini incelemek için tasarlanmıştır.

Ayrıca ELISA testleri yapabilen laboratuvarımız birçok vitamin ve vücut içerisinde hastalık veya yaşa göre miktarı değişen makro-moleküllerin analizini de yapabilecek seviyededir.

Bahsi geçen uygulama alanlarına hizmet eden başlıca cihaz, donanım ve teçhizatlar; Real-Time PCR Cihazı (Q-PCR, Roche- LightCycler 480 II), Otomatik Nükleik Asit İzolasyon Robotu (QIAGEN-Qiacube Spin), DNA PiroSekans Cihazı (QIAGEN Pyromark Q24), UV/VIS Mikroplaka ELISA Spektrofotometre (Spectrostar Nano BMG Labtech GmbH), Trinoküler Stereo Mikroskop (Nikon AZ100M), Floresan Mikroskop (Nikon Eclipse-Ci), Yüksek Kapasiteli Soğutmalı Santrifüj (SIGMA 3-30KS), -80 ˚C Derin Dondurucu (ESCO), Nanodrop Makromolekül Miktar Analiz Cihazı (MaestroNano, MaestroGen), Jel Görüntüleme Sistemi (BIO-RAD Universal Hood II), Homojenizatör (SpeedMill PLUS/Analytik Jena) ve Ultrapure Saf Su Cihazı (Millipore, Direct_Q 3 UV).

Real-Time PCR Cihazı
Cihaz Marka/Model: Thermo Scientific OWL A1

Epigenetik çalışmalarda bir genin mRNA’ya hangi oranda çevrildiğinin, yani transkripsiyon seviyesinin, karşılaştırmalı analizini yapan bu cihaz ile araştırmacılar farklı ilaçların veya bileşiklerin hücre kültüründe veya bakterilerde hangi hedef genin transkripsiyonunun ne

kadar artıp azaldığını çok hassas bir şekilde belirleyebilmekle birlikte hücre içi metabolik yolakların ne şekilde etkilendiği ile ilgili moleküler seviyede belirleyebilirler. Ayrıca mikrobiyom çalışmalarında farklı mikroorganizmaların örnekteki dağılımlarının ortaya çıkarılmasında da karşılaştırmalı olarak kesin sonuç verebilecek kapasitededir.

Bu testlerin yanı sıra, COVID-19 gibi bulaşıcı hastalık etkeni olan virüs ve bakterilerin tanısında kullanılabilen bu cihaz sayesinde herhangi bir serum, kan, sıvı veya yüzey örneğindeki tüm mikroorganizmaların tespit edilebilmesi mümkündür.

Uygulamalar;

  • Viral partikül testi,
  • Bakteri testi,
  • Transkripsiyon seviyesinin tespiti,
  • Mikroorganizmaların tür seviyesinde karşılaştırmalı miktar analizi,
  • Nükleik asit sıralarının çoğaltılması,
  • GDO’lu gıdaların tespiti,
  • Hücrenin stres altında ekspresyonu artan genlerin tespiti,
  • Ökaryotik ve prokaryotik epigenetik profilleme,
  • İlaçların gen ekspresyonu üzerine etkisi,
  • Gerçek zamanlı DNA amplifikasyonu takibi,
  • İlgili hedef genlerin erime noktası tayini,
  • Tüm nükleik asitlerin kalitatif ve kantitatif analizleri,
  • Aynı anda 96 veya 384 örnek üzerinde çalışabilme.

Otomatik Nükleik Asit İzolasyon Robotu
Cihaz Marka/Model: Thermo Scientific OWL A1

Kolon kitleri kullanılarak yapılacak nükleik asit veya rekombinant protein pürifikasyonu için robotik bir sistemdir. Cihaz spin kolon protokolü ile izolasyon yapabilen tüm manuel kitleri tam otomatik olarak çalışabilmektedir. Uygun kitler kullanılarak PCR pürifikasyonu, viral DNA/RNA izolasyonu, toplam glikoprotein izolasyonu, bitkilerden DNA/RNA izolasyonu, PAXgene RNA izolasyonu, genomik DNA, total RNA, viral nükleik asit, plazmid DNAsı ve protein pürifikasyonu yapılabilmektedir.

Uygulamalar;

  • Viral nükleik asit,
  • PCR pürifikasyonu,
  • Viral DNA/RNA izolasyonu,
  • Total glikoprotein izolasyonu,
  • Dışkıdan nükleik asit izolasyonu,
  • Bitkiden DNA/RNA izolasyonu,
  • PAXgene RNA izolasyonu,
  • Genomik DNA,
  • Total RNA,
  • Plazmid DNA,
  • Protein saflaştırması,
  • DNA veya RNA örneklerini temizleme.

DNA PiroSekans Cihazı
Cihaz Marka/Model: Thermo Scientific OWL A1

Pirosekanslama teknolojisi sayesinde genetik ve epigenetik DNA modifikasyonlarının kantitatif olarak incelenebilmesini sağlar. Nadir mutasyonların tespiti ve DNA metilasyon bölgelerinin tespitinde kullanılabilen bu cihaz ile CpG metilasyon analizi, SNP (Single Nucloetide Polymorfism) analizi, insersiyon ve delesyon mutasyon analizi, STR (Short Tandem Repeats) analizi, gen kopya sayısının belirlenmesi, nadir hastalıkların tespiti, mikrobiyal teşhis identifikasyon ve direnç tipleme analizlerini yapabilme kapasitesi taşır.

Uygulamalar;

  • Gen mutasyonları tespiti, 
  • Metilasyon analizi,
  • Rekombinant DNA oluşum yapılarının tayini,
  • Gen regülasyonunda rol alan mutasyonların belirlenmesi,
  • Kalıtsal hastalıkların tayini,

hedef protein veya kısa peptitler, karbonhidratlar, yağlar, antikorlar, vitaminler ile nükleik asit miktarlarının tayinini pikomol seviyesine kadar ölçebilme kapasitesine sahiptir. 1536 kuyulu mikroplakalar ile ölçüm yapabilir.

Uygulamalar;

  • Tam-spektrum UV/Vis ölçümleri,
  • Görünür dalga boyu absorbans ölçümleri,
  • Bireysel örnekler için entegre küvet (1-3 mL) odası,
  • Lineer, orbital, çift-orbital çalkalama ve 45 °C’ye kadar inkübasyon,
  • Düşük hacim (2μl) örnekler için LVis Plate uyumlu
  • Absorbans tarama, kinetik ve endpoint ölçüm,
  • Çok yönlü çalkalayabilme özelliği (lineer, orbital, ikili orbital).

Soğutmalı Santrifüj
Cihaz Marka/Model: Thermo Scientific OWL A1

Hücre ve doku kültürü, nükleik asit izolasyonu ve diğer çöktürme işlemleri ile sıvı ortamdaki disperse veya süspanse (askı) haldeki katı partikülleri ayırmak için kullanılır. -20 ila 40 ˚C arasında çalışabilen bu cihaz uygun rotorları sayesinde dakikada maksimum 26000 devir ve 60000 g yerçekimi kuvvetine kadar çıkabilmektedir.

-80 ˚C Derin Dondurucu

-56 ila -86 ˚C arasında soğutma yapabilen bu cihaz araştırmacıların RNA ve enzim gibi hassas örneklerinin stoklanmasına veya bakterilerin uzun süreli canlı saklanmasına imkân tanır.

Nanodrop Makromolekül Miktar Analiz Cihazı
Cihaz Marka/Model: Thermo Scientific OWL A1

1 µl kadar düşük miktarların tekrar kullanımına imkan sağlayacak şekilde 230, 260 ve 280 nm dalga boylarını kullanarak 2 ile 2000 ng/μl arasında bir hassasiyetle çift zincir DNA, tek zincir DNA, RNA ve protein makromoleküllerinin konsantrasyon ve kalite ölçümünü yapabilir.

Jel Görüntüleme Sistemi
Cihaz Marka/Model:
Thermo Scientific OWL A1

UV ışık kaynağı ile izole edilen DNA’nın veya PCR’ı yapılan genlerin agaroz jel üzerinde uzunluk analizlerini ve miktarlarının tayinini sağlar.

Homojenizatör
Cihaz Marka/Model: Thermo Scientific OWL A1

DNA, RNA ve protein izolasyonu ve saflaştırılması için kullanılacak olan çeşitli biyolojik materyal için etkin homojenleştirme işlemi gerçekleştirir. Saniyede 50 Hz’e kadar çıkabilen bu cihaz kuru veya ıslak homojenizasyon yapılabilir.

Ultrapure Saf Su Cihazı
Cihaz Marka/Model: Thermo Scientific OWL A1

Hücre kültürü, Mikrobiyoloji, Moleküler Biyoloji ve hassas kimyasal deneylerde ihtiyaç duyulan kalitede saf su üretebilen bu cihaz ile 18.2 MΩ.cm seviyesinde 0.056 µS/cm iletkenliğe sahip ultra saf su elde edilebilmektedir. Ayrıca elde edilen ultra saf suyun total organik karbon miktarı UV ile 5 µg/L (ppb) seviyesinin altında olmakla birlikte kullanılan Millipak filtre ile mikroorganizma miktarı 0.1 CFU/ml nin altına çekilebilmektedir.

Diğer Temel Cihazlar;

Mikrobiyoloji ve Hücre Kültürü tabanlı laboratuvarlarda ihtiyaç duyulabilecek rutin ve konvansiyonel işlemlerde kullanılmak üzere vortex, su banyosu vb. gibi temel cihazlar da laboratuvarımız bünyesinde bulundurulmaktadır. Analize hazırlık aşamasında veya sonrasında kullanılabilecek bazı temel periferal cihazlar aşağıdaki listelenmiştir.